Споры по интеллектуальным правам будут разделены на две группы. Первая: дела о существовании права — например, дела по оспариванию решений Роспатента. Подобные споры Суд по интеллектуальным правам будет рассматривать в первой инстанции в коллегиальном составе. Апелляция по таким делам не предполагается. Кассационные жалобы будет рассматривать президиум этого же суда. Также в первой инстанции суд будет рассматривать дела по оспариванию нормативных актов в сфере интеллектуальной собственности. 

Вторая: дела о нарушении права — споры вокруг торговых знаков и фирменных наименований. Допустим, кто-то пытается продавать платья под маркой, удивительно похожей на фамилию дизайнера с мировым именем.Такие споры в первой и второй инстанциях будут рассматривать существующие арбитражные и арбитражные апелляционные суды, а кассационные жалобы - коллегия Суда по интеллектуальным правам. Надзорной инстанцией во всех случаях будет Высший арбитражный суд России.